(1)按照章程的规定，履行相应的内部程序通过终止民办非企业单位决议。如果因特殊情况不能召开的，应当在报纸上公告，并经业务主管单位认可。
(2)在登记管理机关、业务主管单位和有关机关(一般指会计师事务所)的指导下成立清算组织，清理债权债务，处理剩余财产，完成清算工作。清算组的职责是：清理财产，编制财务报表;通知、公告债权人(可以参照《公司法》的相关规定，清算组织自成立之日起10日内通知债权人、60日内在报纸上公告，债权人应当自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自公告之日起45日内，向清算组申报其债权);处理与清算有关的未了结业务;清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款;清理债权、债务;处理清偿债务后的剩余财产等;代表民办非企业单位参与民事诉讼活动。清算结束后，清算组应提出清算报告并造具清算期间内的收支报表和各种账务账册。各财务数据须经注册会计师签字。
清算后的剩余财产，应当按照有关法律、法规的规定处理。清算期间，不进行清算以外的活动。
(3)清算结束后，向业务主管单位提交注销申请。
(4)业务主管单位审查同意后，报登记管理机关审查。
(5)经审查同意后，民办非企业单位向登记管理机关交回登记证书、印章和有关财务凭证，将银行账户、税务登记和组织机构代码的注销资料复印件交登记管理机关备案，由登记管理机关办理注销公告。
2、民办非企业单位办理注销登记，网上填报通过后，并提交以下材料(原件一式一份)：
(1)注销登记申请书(说明申请注销的原因及其他需要说明的重要事项，法定代表人签字并民办非企业单位盖章);
(2)业务主管单位关于同意注销登记的文件(写明同意注销并认可清算结果和剩余财产的处理，加盖国徽章);
(3)《民办非企业单位法人注销申请表》(编号：02)并按要求加盖印章或签字;
(4)会计师事务所出具的民办非企业单位清算报告;
(5)民办非企业单位清算报告书(清算小组成员签字)、债权债务公告(公告需刊登在公开发行的报纸上，提交报纸原件);
(6)民办非企业单位履行程序会议纪要。
经审查同意，民办非企业单位办理组织机构代码、税务登记、银行账户注销等相关事项后，向登记管理机关交回民办非企业单位登记证书正副本，印章(民办非企业单位印章、财务专用章、办事机构印章)和有关财务凭证(会费收据等)，领取同意注销登记文件。
